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Rafael Marques Pinto nasceu em 21 de setembro de 1983, no Rio de Janeiro. Iniciou sua carreira profissional no Botafogo em 2003, onde permaneceu por três temporadas.
Em 2006, Rafael Marques se transferiu para o Grêmio Foot-Ball Porto Alegrense, onde se tornou um pilar da defesa. Ele ajudou o clube a conquistar o Campeonato Gaúcho em 2006, 2007 e 2010, além da Copa do Brasil em 2007.
Rafael Marques foi convocado para a Seleção Brasileira em 2008 e fez parte do elenco que disputou a Copa América daquele ano. Ele também representou o Brasil nas Olimpíadas de 2008, conquistando a medalha de bronze.
Após deixar o Grêmio em 2011, Rafael Marques jogou por vários clubes internacionais, incluindo o Monaco, o Al-Hilal e o Shandong Luneng. Ele se aposentou do futebol profissional em 2019.
Rafael Marques era conhecido por sua força física, habilidade no jogo aéreo e capacidade de antecipar os movimentos dos adversários. Ele era um defensor confiável e versátil, capaz de jogar tanto como zagueiro central quanto como lateral-direito.